Sobald die Genehmigungsbehörde den Betrieb genehmigt, erhält der Verkehrsbetrieb die Genehmigungsurkunde. In der Genehmigungsurkunde sind die Art der Genehmigung, eventuelle Auflagen und die Dauer der Genehmigung definiert.
Die Genehmigungsurkunde muss nicht in den Fahrzeugen mitgeführt werden, sondern muss dem Verkehrsbetrieb vorliegen. Eine einmal erteilte Genehmigung kann innerhalb der Geltungsdauer nur bei einem schwerwiegenden Grund wiederufen werden. Die Genehmigungsurkunde gibt dem Verkehrsbetrieb für die Dauer der Genehmigung Planungssicherheit.
Die Geltungsdauer der Genehmigung ist im § 16 PBefG geregelt. Das Personenbeförderungsgesetz unterscheidet in der Geltungsdauer zwischen dem Verkehr mit Straßenbahn- und Obusverkehren und für den Linienverkehr mit Kraftfahrzeugen.
In §16 (1) PBefG wird die Geltungsdauer für Straßenbahnen- und Obusverkehr (Oberleitungsomnibus) frei definiert. Die Genehmigungsdauer soll so bemessen sein, dass sie mindestens der gewöhnlichen Nutzungsdauer der Betriebsanlagen entspricht. Die Höchstdauer beträgt 25 Jahre.
In §16 (2) PBefG wird für den Linienverkehr mit Kraftfahrzeugen die Nutzungsdauer mit maximal 8 Jahre angegeben. Die Dauer ist unter Berücksichtigung des öffentlichen Verkehrsinteresses zu treffen.
In §16 (3) wird die Geltungsdauer der Genehmigung im Gelegenheitsverkehr mit Kraftfahrzeugen auf höchstens 4 Jahre definiert.
Die von der Genehmigungsbehörde ausgegebene Genehmigungsurkunde ist in §17 PBefG definiert und enthält:
- Name, Wohn- und Betriebssitz des Unternehmers,
- Bezeichnung der Verkehrsart, für die die Genehmigung erteilt wird, im Gelegenheitsverkehr auch die Verkehrsform,
- Geltungsdauer der Genehmigung,
- etwaige Bedingungen und Auflagen,
- Bezeichnung der Aufsichtsbehörde,
- bei Straßenbahn- oder Obusverkehr die Linienführung und im Falle des §28 (4) PBefG einen Hinweis auf den Vorbehalt.
- bei Linienverkehr mit Kraftfahrzeugen die Linienführung,
- bei Gelegenheitsverkehr mit Kraftfahrzeugen die amtlichen Kennzeichen der einzusetzenden Kraftfahrzeuge.
Im Gelegenheitsverkehr wird die Genehmigungsurkunde auf das Fahrzeug ausgegeben. Anders als im Linienverkehr, hier gilt die Genehmigungsurkunde für die Linie und den darin enthaltenden Fahrplan. Wenn die Fahrzeuge im Gelegenheitsverkehr getauscht werden, muss die Genehmigung erneuert werden.
Die Genehmigungsbehörde kann im Zuge des Genehmigungsverfahren Bedingen und Auflagen für die Genehmigungsurkunde definieren. Während des Genehmigungsverfahrens werden die beteiligten Kommunen, benachbarte Verkehrsbetriebe und öffentliche Institutionen befragt. Diese können sich zur Erteilung der Genehmigung äußern.
In einer Genehmigungsurkunde kann z. B. ein Zwischenbedienungsverbot definiert sein. Wenn Teilstrecken der Linie von verschiedenen Verkehrsbetrieben gleichermaßen befahren werden, kann der Verkehrsbetrieb der bereits eine Genehmigung besitzt dieses Fordern und anstreben.
Andere Beispiele die deutlich fahrgastfreundlicher als ein Zwischenbedienungsverbot sind, ist z. B. die Auflage, das der Verkehrsunternehmer B auf einem gemeinsam befahrenen Streckenabschnitt den Tarif des Verkehrsunternehmers A anwenden muss.
Dies sind nur zwei Beispiele von vielen Möglichen Auflagen, die eine Genehmigungsbehörde in der Genehmigungsurkunde verhängen kann. Eine Auflage muss von dem Verkehrsbetrieb eingehalten werden. Bei Verstoß kann der Entzug der Genehmigung drohen.